Je donne ici les étapes et les liens qui mon permis de convertir ma thèse écrite en LATEχ  au format HTML (que vous trouverez ici).

Tout d'abord je tiens à préciser que je travaille depuis quelques temps sur un PowerBooK G4 sous Mac OS X (version 10.3 "Panther"), j'ai laissé du coup mon petit PC sous LINUX. Noter que j'ai installé la Mandrake 9.2 PPC (sur un autre disque) qui tourne pas si mal que ça (Mac On Linux, MOL, c'est quand même jolie). J'ai converti ma thèse à l'aide latex2html (que vous pouvez récupérer avec fink si vous êtes sous Mac OS X et que vous l'avez installé, ce que je vous conseil vivement).

Quelques mots sur ma thèse en LATEχ 
J'ai créé plusieurs répertoires qui correspondent chaqu'un à un chapitre de ma thèse. Ces chapitres sont ensuite appelés dans mon fichier principal these.tex via la commande \include. Comme c'est une thèse en physique il y a pas mal de formules et de signes bizarres que j'utilise souvent ( ⁷Be, ⁸B, ²³⁸₉₂U et plusieurs autres déclinaisons). J'ai donc définis des macros dans un fichier these.sty que je charge ensuite dans mon fichier these.tex par \usepackage{these}.

Quelles sont les étapes pour convertir these.tex en these.html?
Recopier l'ensemble de votre répertoire de thèse (en theseHTML par exemple). Toutes les étapes que je décris se font maintenant dans ce nouveau répertoire.
Modifier le fichier principal où sont appelés vos fichiers LATEχ  et renommer le en these_html.tex par exemple.
Supprimer tous vos \usepackage, et mettez ce qui suit (pour exemple mon fichier these_html.tex final est ici):
\documentclass[11pt]{book}
\usepackage[french]{babel}
\usepackage{epsfig}
\usepackage{html}
\setcounter{tocdepth}{2}
\usepackage{amsmath}
\usepackage{amsfonts}
\usepackage{amssymb}

-----> \include{VOTRE 1er FICHIER LATEχ }

Je vous conseil d'y aller petit à petit, ne pas convertir toute votre these en un bloc mais plutôt include par include et de verifier à chaque fois si la conversion est bonne. Il faut enlever aussi l'appel à la bibliographie. Pour ma part j'ai laissé les \chapter dans mon fichier these_html.tex.

Si vous avez définis des macros dans un fichier annexe (pour moi c'est le fichier these.sty), vous devez les déclarer dans un fichier .latex2html-init qui est chargé au lancement de la commande latex2html. Comme latex2html est écrit en Perl, ces déclarations doivent être écrit en Perl et non pas en LATEχ .
Je donne quelques exemples de macros que j'utilise en LATEχ  et leurs analogues en Perl (qui je l'espère vous serons utile).Je distingue trois cas.

1. Macro très simple sans argument
   Exemple $\nue$ (pour ν_e -neutrino de type électronique-) défini dans mon fichier these.sty par la ligne:
   \newcommand{\nue}{\ensuremath{\nu_\mathrm{e}}}.
   La commande suivante, placée dans .latex2html-init, permet de redéfinir $\nue$ pour l'ensemble de mes fichiers LATEχ 
   sub do_cmd_nue {"&nu;<SUB>e</SUB>"}.
   
2. Macro simple avec deux arguments
   La macro $\isotopes{n}{X}$ me permet d'écrire pour un n et X donnés: ⁿX (exemple ⁷Be -atome de béryllium 7-). Cette macro est définie dans mon fichier these.sty par:
   \newcommand{\isotopes}[2]{\ensuremath{^{#1}}\mathrm{#2}}.
   Il s'agit pour latex2html via une commande Perl de récupérer les deux arguments de cette macro et de bien les agancer. La commande suivante dans le fichier .latex2html-init permet de le faire:
   sub do_cmd_isotopes{
   local($_) = @_;
   s/$next_pair_pr_rx//o; $chiffre = $&;
   s/$next_pair_pr_rx//o; $atome = $&;
   join('',"<SUP>$chiffre</SUP>$atome", $_);
   }
   
3. Macro un peu plus complexe avec trois arguments
   La macro $\atomes{n1}{n2}{X}$ me permet d'écrire pour n1, n2 et X donnés:ⁿ¹_n2X (exemple ²³⁸₉₂U -atome d'uranium 238 à 92 protons-). Notez que c'est beaucoup plus beau en Lateχ quant HTML (si quelqu'un trouve plus beau je suis preneur). Cette macro est définie dans mon fichier these.sty par:
   \newlength{\subwidth}
   \newcommand{\atomes}[3]{%
   \ensuremath{
   \settowidth{\supwidth}{$\scriptstyle #1$}%
   \settowidth{\subwidth}{$\scriptstyle #2$}%
   \ifdim \supwidth>\subwidth \subwidth\supwidth\fi%
   \vphantom{#3}^{\makebox[\subwidth][r]{$\scriptstyle #1$}}%
   _{\makebox[\subwidth][r]{$\scriptstyle #2$}}\mathrm{#3}}}
   Il s'agit pour latex2html via une commande Perl de récupérer les trois arguments de cette macro et de bien les agancer. La commande suivante dans le fichier .latex2html-init permet de le faire:
   sub do_cmd_atomes{
   local($_) = @_;
   s/$next_pair_pr_rx//o; $chiffre1 = $&;
   s/$next_pair_pr_rx//o; $chiffre2= $&;
   s/$next_pair_pr_rx//o; $atome = $&;
   join('',"<SUP>$chiffre1</SUP>","<SUB>$chiffre2</SUB>","$atome",$_);
   }
   

Remplacer l'ensemble de vos macros dans le fichier .latex2html-init. Rajouter ensuite ces quelques lignes (qui sont mieux que les défauts proposés) au début du fichier latex2html-init:

$LANGUAGE_TITLES = ' french';
$BODYTEXT = "text=\"\#000000\" bgcolor=\"\#FFFFFF\"";
$WHITE_BACKGROUND = 1;
$LATEX_COLOR = "\\pagecolor{white}";
$PSTOIMG = "$PERL /sw/bin/pstoimg";
Si on veut des .png pour les figures au lieu des .gif:
$IMAGE_TYPE = $IMAGE_TYPES[1];

Vous pouvez alors lancer la conversion:
latex2html -no_math -html_version 3.2,math -local_icons these_html.

L'option -local_icons permet d'avoir les icons "pervious", "up" et "next" dans le repertoire courant.
Relancer la commande précendente à chaque nouveau include que vous mettez dans votre fichier these_html.tex. Terminer en mettant l'appel de la bibliographie.

Quelques liens utiles, voir très utiles:

http://www.orcca.on.ca/MathML/texmml/textomml.html
http://www.htmlhelp.com/reference/html40/entities/symbols.html
http://www-texdev.ics.mq.edu.au/l2h/docs/manual/
http://www.yoyodesign.org/doc/w3c/mathml2/byalpha.html
http://www.cims.nyu.edu/~barnett/thesis/latex2html_tips.html